Struktura Instytucji w systemie JSA jest zależna od danych wprowadzonych w systemie POL-on.

Oznacza to, że wydziały (w nowej, technicznej formie przewidzianej w POL-on 2.0) nie będą kasowane. JSA będzie je wciąż pokazywać, nie będą one jednak aktywne, a po ich nazwie następować będzie dopisek „(nieaktywny)”. Jednostki takie będą spełniały funkcję techniczną.

Aktualizacja struktury instytucji następuje automatycznie przy każdorazowym logowaniu Administratora POL-on do systemu JSA.